主發酵期間，技術控制的重點是溫度、濃度和時間，三者互相制約，又是相輔相成的。發酵溫度低，濃度下降就慢，發酵時間長；反之，發酵溫度高，濃度下降快，發酵時間短。三者控制的依據與產品的種類、酵母菌種、麥汁成分有關系，控制的目的就是要在最短的時間內達到要求的發酵度和代謝產物。
溫度的控制
啤酒發酵是采用變溫發酵，發酵溫度是指主發酵階段的最高溫度。由于傳統原因，啤酒發酵溫度一般低于啤酒酵母最適生長溫度（25～28℃）。上面發酵啤酒的接種溫度一般控制在18～20℃，下面發酵啤酒的接種溫度一般控制在 8～10℃。

采用低溫發酵工藝的主發酵起始溫度為5～7℃，一般6.5～7℃。發酵最高溫度因菌種不同和麥汁成分不同而不同，一般在 8～10℃。溫度偏低，有利于降低發酵副產物的生成量，α-乙酰乳酸的形成量減少，雙乙酰、高級醇、乙醛、H2S和二甲基硫的生成量也減少，啤酒口味清爽，泡沫性能好，適合生產淡色啤酒。
發酵終了溫度一般控制在5℃。降低溫度使酵母凝集沉淀，酒液中只保留一定濃度的酵母量，便于后發酵和雙乙酰還原；繼續降低溫度至0~-0.5℃，便于低溫貯藏，以利酒的澄清和二氧化碳飽和，否則將延長貯酒期。
濃度的控制
在一定的酵母菌種和麥汁成分條件下，濃度的控制是由調節發酵溫度和發酵時間來控制的。如果發酵旺盛，耗糖快，則需適當降低發酵最高溫度和縮短最高溫度的保持時間；反之，則需延長最高溫度保持時間或采取緩慢降溫的辦法，以促進耗糖。
時間的控制
在一定麥汁成分、酵母活性和一定的發酵度要求下，發酵時間主要取決于發酵溫度。發酵溫度高，則發酵時間短，反之亦然。
下面發酵的主發酵時間一般控制在7~10天。低溫緩慢發酵的酒 ，風味柔和醇厚，泡沫細膩持久，但設備利用率低。上面發酵的主發酵時間一般控制在5～8天，酵母的發酵速度較快，發酵時間短，香味突出，設備的利用率高。
低溫長時間的主發酵可使發酵液均衡發酵，pH下降緩慢，酒花樹脂與蛋白質微量析出而使啤酒醇和，香味好，泡沫細膩持久。10～12ºP啤酒一般主發酵時間為6～8天。